95% da água que abastece o município é proveniente do rio Jundiaí Mirim, que nasce na divisa de Jarinu (Córrego do Tanque) e Campo Limpo Paulista (Ribeirão do Perdão). Este rio, em toda sua extensão, é o único classe 1 (de excelente qualidade) em uma região com 71 municípios, de acordo com a resolução 357 do Conama (Conselho Nacional do Meio Ambiente). Suas águas abastecem as represas de Acumulação e de Captação.
Os outros 5% da água que abastecem o município são provenientes dos seguintes mananciais:
Córrego Japi (Estiva): a água abastece a represa localizada do bairro Moisés (próximo ao Jardim Samambaia) e segue para tratamento na ETA-A.
Ribeirão Ermida: abastece a represa localizada na Serra do Japi.
Rio Atibaia: deságua na Casa de Bombas localizada na divisa com Itatiba e segue por adutora até a represa de Acumulação, localizada no entorno do Parque da Cidade e do Mundo das Crianças. É o manancial usado em épocas de estiagem.