O principal manancial de Jundiaí é o Rio Jundiaí Mirim, que chega até a Represa do Parque da Cidade
95% da água que abastece o município é proveniente do rio Jundiaí Mirim, que nasce na divisa de Jarinu (Córrego do Tanque) e Campo Limpo Paulista (Ribeirão do Perdão). Este rio, em toda sua extensão, é o único classe 1 (de excelente qualidade) em uma região com 71 municípios, de acordo com a resolução 357 do Conama (Conselho Nacional do Meio Ambiente). Suas águas abastecem as represas de Acumulação e de Captação.
Os outros 5% da água que abastece o município são provenientes dos seguintes mananciais:
Represa do Moisés, no Jardim Samambaia
Represa Serra do Japi
Rio Atibaia
