Desde 2000, o Laboratório de Esgoto opera para fiscalizar o tratamento de esgoto realizado pela Companhia Saneamento de Jundiaí (CSJ), empresa concessionária responsável pela construção e operação da Estação de Tratamento de Esgoto de Jundiaí (Etej), localizada no bairro Jardim Novo Horizonte. Desde meados de 2012, o laboratório monitora o esgoto que chega até a ETE São José, que está em fase de testes.
Neste laboratório são desenvolvidas análises dos efluentes lançados na rede pública de esgoto, além de serem monitoradas fontes geradoras de esgoto, como indústrias e comércio.